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種子植物の種子は多くの場合、細胞が水を失い、胚の状態で休眠している。これに対してある条件を満たすと休眠が解除され、胚が成長して種子の皮の外に根や芽を出す。発芽を促進する因子としては十分な水、十分な量の酸素、適当な温度の三つが重要である。種によっては光の条件が必要であったり、それ以外にも休眠を解除する刺激が必要であったりする。光が発芽に必要なものは、光発芽種子といわれる。
休眠中の種子には貯蔵物質として脂質やデンプンが多く含まれているが、発芽に際してこれらが分解され、より多くの生物の活動に必要な物質が合成される。ジベレリンは、デンプンなどの分解を促進し、発芽を誘導する植物ホルモンとして知られている。逆に、発芽を抑制する作用を持つ植物ホルモンとしてアブシジン酸が知られている。
英語では発芽させることをスプラウト(Sprout) といい、様々な種子を発芽させたものスプラウトとして食用とする。スプラウトにするとビタミンなどの栄養素が大幅に上がることが判っており、アルファルファや緑豆(市販されているモヤシの大半)、貝割れ大根などはおなじみだが、近年ではブロッコリー、ソバなどの新顔も加わっている。
シダ類・コケ類・藻類・菌類などの胞子が休眠状態から活動を始める場合にも発芽という。この場合、胞子は厚い壁に包まれているのが普通なので、その一部が破れて内部から活動的な部分が出現するが、何が出るかはその生物次第である。発芽によって管状の構造が出て来る場合、これを発芽管と呼ぶ。胞子の内容物は発芽管を通して外に出て来る。多くの菌類の場合、それはそのまま菌糸として発達する。
植物寄生性の卵菌類の場合、遊走子嚢が散布体としてふるまう。これから内容物が出るのも発芽というが、この場合、水があれば遊走子が放出され、無ければ菌糸の形で発芽が行なわれる。
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